Selain merugikan manusia, hewan dan tumbuhan bakteri juga banyak yang menguntungkan bagi kehidupan. Berbagai bakteri yang menguntungkan antara lain:

1. Bacillus thuringensis, sebagai agensia pengendali hayati bagi tanaman kobis, kapas, jagung, tembakau, dan pemberantasan nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah.
2. Agrobacterium tumefaciens untuk pembuatan tanaman transgenik, baik untuk tujuan resistensi terhadap hama dan penyakit, daya simpan produk, maupun untuk peningkatan nutrisi.
3. Rhizobium leguminosarum, hidup pada bintil-bintil akar tanaman Leguminoceae dan mampu mengikat nitrogen bebas dari udara, sehingga dapat menyuburkan tanaman. Jenis lain yang mampu memfiksasi nitrogen adalah Azotobacter.
4. Bakteri Nitrosococcus, Nitrosomonas, dan Nitrobacter berperan dalam menyuburkan tanaman.
5. Lactobacillus bulgaricus untuk membuat youghurt.
6. Acetobacter xylinum untuk membuat nata de coco dari air kelapa.
7. Bacillus brevis untuk menghasilkan antibiotic tirotrisin, Bacillus polymyxa menghasilkan polimiksin, Bacillus substilis, mengasilkan basitrasin.
8. Methanobacterim berperan dalam pembuatan bio gas sebagai bahan bakar

Bakteri yang merugikan bagi kehidupan :

1. Treponemia pallidum
   Menyebabkan Penyakit Sifilis
2. Diplococcus pneumonia
   Menyebabkan Penyakit Radang paru-paru/Pneumonia
3. Vibrio cholerae
   Menyebabkan Penyakit Kolera
4. Pasteurela pestis
   Menyebabkan Penyakit Sampar/pes
5. Neisseria gonorrhoe
   Menyebabkan Penyakit Kencing nanah/raja singa
6. Salmonella typhosa
   Menyebabkan Penyakit Tipes
7. Shigella dysentriae
   Menyebabkan Penyakit Disentri
8. Bacillus antraxis
   Menyebabkan Penyakit Antrak pada domba, sapi, kerbau
9. Mycobacterium tuberculosis
   Menyebabkan Penyakit TBC
10. Clostridium tetani
    Menyebabkan Penyakit Tetanus
11. Xanthomonas citri
    Menyebabkan Penyakit Kanker batang pada jeruk